La vida y carrera profesional de Juan Manuel Santisteban se detenían para siempre un viernes 21 de mayo de 1976, fallecía en el primer sector de la jornada inicial del Giro de Italia, víctima de una caída. A los 31 años dejaba viuda y dos hijos.
El suceso se producía a 18 kilómetros de Catania, las incidencias habían perseguido a sus compañeros del Kas antes del fatal desenlace. Galdos rompía la bicicleta y le ayudaba Martos, después pinchazo de González Linares que era esperado por Menéndez, Carlos Ocaña y el propio Santisteban, desafortunadamente se salió en una curva y chocó con un pretil, había salvado otros accidentes en otras pruebas, sin embargo esta vez tocaba un daño irreparable.
Con el cuerpo presente de Juan Manuel se le dedicó una misa en la catedral de Catania, el cadáver fue trasladado en avión a España. El Kas decidió seguir la competición, recibiendo muchas muestras de afecto por parte de la organización, resto de ciclistas y de los aficionados italianos.
El funeral tuvo lugar en Colindres, su localidad de residencia, entre la multitud de personas que acudieron estaban los corredores Basualdo, Fuente, Félix González, Zubero y viejas glorias como Vicente Trueba, Cosme Barrutia y Dalmacio Langarica.
A Santisteban se le concedió a título póstumo la medalla al Mérito Deportivo.
Las personas que conocieron a Juan Manuel coinciden en decir sobre él que tenía una fuerza descomunal y que era un buen tipo.
El vizcaíno José Félix Goiriena, algunos años menor que Santisteban, recuerda bien el poderío físico del cántabro. <<Mediría sobre 1m 82, tenía unos cuadriceps femorales muy desarrollados, en una carrera en Laredo en la que ibamos destacados me decía "Goiriena relévame", no pude resistir su ritmo, hice segundo al final. En otra ocasión corríamos en Torrelavega, volví a coincidir con él en una escapada, pinchó, cuando nos alcanzó y sobrepasó fue inesperado e impresionante, ¡ganó!>>.
Pablo Reinoso, amigo de Goiriena y también ex corredor, dice haber visto vencer a Juan Manuel Santisteban en Igorre con una bicicleta de paseo. <<Cuando yo era juvenil, nos vino a ver correr en Allendelagua porque participaba "su cuñado", Luis Crespo, después se fueron en bicicleta desde allí hasta Ampuero>>.
Miguel Ángel García, un enamorado del deporte del pedal y vecino de Ampuero, padre de dos ciclistas, Álvaro y Damián, también destaca la nobleza de "Santi". <<No tenía maldad, mi mujer y yo le vimos ganar la etapa de la Vuelta a España de 1974 que finalizó en Laredo, no había retransmisión televisiva como hoy día pero sabíamos que venía escapado con una buena ventaja. Dos años después acudimos a su funeral.>>
Juan Manuel Santisteban en aficionados se proclamó campeón de España en 1967, como profesional militó en Karpy, Monteverde y el mítico Kas. Gregario eficaz y ejemplo de combatividad, buscó el éxito desde lejos en muchas ocasiones. En su palmarés figura la general de la Vuelta a Asturias del 74, esa temporada también sumó un triunfo parcial en Dauphine Libere. En la Vuelta a España, además del éxito de Laredo, consiguió otro en la edición de 1973, el primer sector de la novena jornada con meta en Barcelona, colaboró en las victorias finales de José Manuel Fuente (1974) y José Pesarrodona (1976). La última etapa que completó fue la contrarreloj de 31,7 kilómetros en San Sebastián, el colofón de la ronda española, cinco días antes de su muerte hizo tercero, a 12 segundos del vencedor, el alemán Dietrich Thurau.